1966年開始的文化大革命，使哈工大正常教學科研秩序受到嚴重破壞。

1970年春，根據上級指示，哈工大少數人員與絕大部分物資南遷重慶，與哈軍工二系合并成立重慶工業大學；留哈部分與黑龍江工學院、哈爾濱電工學院合并組成新的哈爾濱工業大學。1973年8月國務院、中央軍委決定重慶工大北返，恢復原哈工大。幾經折騰，學校遭到嚴重破壞。